řešení bych hledal v registru:
spusť "regedit"
a najdi klíč: HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced
A tam jsou dvě hodnoty "Hidden" a "SuperHidden" . Hidden bude pro asi (a teď si nejsem 100 % jistý) userem nastavené skryté soubory a složky a "SuperHidden" pro skryté systémové soubory. imho pro zobrazení "hidden" a "superhidden" souborů je nutno nastavit obě hodnoty na "1" . Pro jejich skrytí u "hidden" na "2" a u "superhidden" na "0" (tedy aspoň podle toho, jak to mám já teďka nastaveno, když mám soubory skryté, tj. třeba prostřednictvím průzkumníku je nevidím - ačkoliv je vidím přes Total Commander..).
Viz i tento skript:
http://www.edbott.com/weblog/?p=692
(který navíc ještě zobrazuje přípony souborů... ).
Před případným zásahem do registru bych si možná udělal pro jistotu export registru... nebo přímo bod obnovení.
možná bude potřeba následně restart pro promítnutí změn...
možný vir nejde vyloučit a proto bych si možná projel i hijackthis...
edit: to, jak to popisuješ, tak to vypadá tak, že tam máš skutečně nějaký vir, který asi vždy přepíše výše uvedené hodnoty v registru, protože výše uvedené hodnoty v registru vlastně jsou to, co by jsi měl nastavovat v možnostech složky pomocí grafického rozhraní windows.
