Taktování karty by měly zajišťovat ovladače grafiky a BIOS, takže na tyhle dvě věci bych se zaměřil.
Začal bych tím náročnějším a přeinstaloval ovladače (novější nebo starší, celkem jedno, pokud možno na ty, na kterých to jistě fungovalo předtím). Odinstalovat pomocí DriverSweeper a nainstalovat znovu. Windows 7 s tím snad problém mít nebudou, u Vist by to bylo horší, když máš dvě grafiky.
Zjištění, jestli to není BIOSem (jestli karta třeba nemá nějaký HW problém, protože se přetíží nějaká jednotka chipu a ten se podtaktuje kvůli lokálnímu přehřátí, nebo prostě nějaká část karty nestíhá a monitoring její teploty nemáš), bude paradoxně asi snažší.
Neřeknu ti ale čím to udělat. Já používal takový hezký prográmek pro ATI, který BIOS přečetl a mohl jsem si hezky graficky nastavit větráčky a takty pro různé teploty, takty pro různé stavy vytížení a podobně, ale nejenže si nepamatuju jméno, ale byl navíc jenom pro ATI. Ten BIOS přečetl, díky tomu můžeš zjistit, kdy se karta podtaktuje na stejné takty a díky tomu odhadnout i proč, případně BIOS přeflashovat. Protože máš dvě karty, tak s flashováním BIOSu nemusíš mít strach.
Jenže pravďepodobnost, že by se "rozbil" BIOS je mizivá, takže by se mohlo jednat o HW problém karty.
Podle stáří bych jí zkusil reklamovat, v nejhorším se vrátí s tím, že jí nic není, nebo najdou jiný problém

.
Také bych zkusil 8600GT vyndat, jestli se bude podtaktovávat karta i potom. Pokud ne, tak bych hledal problém v ovladačích.
Pak můžeš ještě dělat pokusy typu zkusit jiný OS (nečí HDD), jestli se bude podtaktovávat i s "reinstallovaným" systémem, ale podle mě to nemá cenu, OS by k taktům karty neměl mít přístup.